1946 年 5 月竺可桢在遵义送走了第一批回杭的教职员及家属，16 日他怀 着眷恋之情告别黔北飞回南京。

内战的阴影冲淡了竺可桢对抗战胜利与和平建设满怀希望的喜悦。他目睹民众衣不蔽体，食难温饱，而地主却锦衣美食，心中一阵黯然神伤。 国统区物价飞涨一时间民不聊生。6 月 11 日，竺可桢返杭，正值浙大教职员为要求生活津贴而罢教。次日，学生自治会代表晋见竺可桢。向他报告 13 日全杭州市学生即将举行反内战游行。竺可桢仅仅对游行口号提出一些更 正意见，而拒绝阻止学生游行示威。国民党当局要求竺可桢交出浙大学生赵 槐等 7 人，竺可桢以“尚须调查”为名托辞过去，保护了游行学生。
尽管全国各地反内战运动风起云涌，但是蒋介石却仍旧无动于衷。人民渐渐觉醒了，尤其是青年人，看透了国民党反动派的本质。不少爱国青年纷纷与家人“不告而别”，投身到中共领导的人民解放斗争事业中。竺梅与其未婚夫满腔热忱奔赴山东解放区。竺可桢惦念北上的女儿，面对动荡的时局，不由感慨：“故国江山无限好，无如天下不太平啊！”

一日竺可桢翻阅当时美国刊物《气象学报》时，发现自己有多处不解所 云，不禁叹息道：“十年校长，已成落伍之气象学家矣！”1946 年决意辞去 兼了 10 年之久的气象所所长一职，决心一心一意办好浙大，为祖国培养栋梁 之才。

1946 年 8 月，竺可桢出席在巴黎召开的联合国教科文组织成立大会，一 并考察英美。会后，竺可桢参观法国中央气象台、约里奥•居里实验室等科 研机构，遍览巴黎名胜古迹。在英国伦敦，竺可桢马不停蹄地参观访问学校、 研究机构、图书馆、博物馆等。1947 年 1 月，竺可桢乘船横渡大西洋抵达纽 约。漫步街头，竺可桢感到战后的美国，景迁人移，面目全非了。他还参观 波士顿等地美术馆、博物馆。这次欧美之旅，收获颇丰。

与此同时，国内却是危机四伏。5 月 20 日沪、苏、杭学生 6000 余人汇集南京举行示威游行，遭到残酷镇压，伤百余人，20 余人被捕，这就是著名 的“五•二○”惨案。之后，引起了全国抗议浪潮，全国数十万学生高举“反 饥饭，反内战，反迫害”旗帜游行示威，罢课抗议。5 月 24 日浙大学生联合 杭州学生数千人游行示威。教育部发电催竺可桢火速归国解决学生罢课问 题。竺可桢耳闻目睹国民党的腐败和专制，对国民党的认识越来越深刻，越 来越明了。

返校后，竺可桢考虑到学生与学校的安全决定提前放假。这样，学生的长期罢课逐渐结束了。当局要求对学生从严处置，竺可桢坚持“以德服人”反对动用军警武力迫害。

新学期开始不久，当局寻找借口逮捕了浙大学生自治会主席于子三、农学院学生郦佰瑾、毕业生陈建新、黄世民等人。竺可桢获悉马上进行营救，探听被捕原因及下落。正在浙大师生努力与当局抗争之时，却传来“于子三已用玻璃刺破喉管自尽”的说法。竺可桢赶赴现场，一眼识破了当局的阴谋，指责道：“以刀杀人与以梃杀人有以异乎？”并质问玻璃管自何而来，戳穿事实真相。竺可桢目睹学生于子三被害后的惨状，悲愤交加，晕倒过去。在于子三“自杀”身亡检验证书上，竺可桢拒不签字，而在另一张纸上写了：“浙江大学学生于子三委实已死，到场看过。”于子三被害，激起民众的愤 慨。31 日集会，竺可桢参加并在会上作了报告。教授们发表宣言要求保障人 权，并在集会上宣布罢教。当局给竺可桢施加压力，竺可桢断然拒绝阻止罢 教罢课，并决定动身去南京辞职。学生来电告知，支持竺校长在南京的一切 活动，希望他不要辞职。竺可桢在南京谈到于子三案说：“作为一个学生是 一个好学生，此事将成为千古奇冤。”蒋介石命人要竺可桢在报上更正，竺 可桢断然拒绝：“报载是事实，无法更正。”竺可桢开始旗帜鲜明地领导师 生与黑暗势力抗争，他宣告：“真理在我们一边，胜利一定属于我们。”
在于子三的葬礼上，学生与军警、特务发生冲突。事件发生后，竺可桢向当局抗议流氓暴行。而当局却将受伤学生当作“凶手”、“被告”传讯。

浙大学生为了抗议这一暴行，罢课三天。竺可桢顶住当局的沉重压力，不顾个人安危，坚决抵制反动当局对学生的迫害，成为浙大的精神支柱。在校学生有感于此，创作了“求是之光”一歌，讴歌竺可桢。歌词是：

江声浩荡，浪涌两浙文物，

弦歌不绝颂浙大，看求是精神远播扬！

十年流土，风霜久摧鬓发苍；

惨淡经营，剑桥媲美，听万人欢呼竺校长！

自由褓姆，鞠躬尽瘁为人道；

科学、民主，矢志所求，歌真理战士竺校长！

江潮澎湃，激流推创新时代；

风雨如海，鸡呜不已，愿民主堡垒永辉煌！

8 月，军警开始大肆搜捕爱国学生。22 日军警、特务在特务学生带领下， 捕去浙大学生三人。竺可桢再次投入营救工作，保释出误捕的施、方二人。 而吴大信因涉嫌重大不准保释，9 月 18 日，特刑庭宣判吴大信一案。竺可桢 出席旁听。法庭判处吴 10 年徒刑，竺可桢认为过重。9 月 19 日，学生罢课 以示抗议。竺可桢为了学生的安全竭力劝阻，又对当局敷衍，说当日是钱江 大潮，学生观潮去了。此后，又有几起迫害学生的事件，竺可桢无不多方努 力营救被捕学生。与此同时，竺可桢对于国民党反动当局的黑暗、独裁也更加痛恨，对蒋介石失去了原有的幻想。

1949 年 4 月中旬，竺可桢获悉自己被列入了“和平分子”的黑名单。由 此可见竺可桢已被国民党列为不可靠的人。竺可桢面对危难，反而更加平静。
4 月 23 日南京解放。

4 月 29 日，竺可桢辞别家人离开了精心耕耘 13 年的浙江大学，奔赴上 海。次日，他访晤教育部长杭立武。正是杭电召竺可桢来沪“有要事相商”， 所谓“要事”就是奉命劝竺可桢去台湾或广州，竺可桢婉然拒绝了。

5 月 6 日，蒋经国奉父命劝说竺可桢去台湾。一见竺可桢，蒋经国首先 转达蒋介石的问候，然后说明来意，劝竺可桢去台湾。竺可桢说：“多谢令 尊美意。在眼下，我看就不必了。”蒋经国追问原因，竺可桢坦然道出：“历 史兴替，大势已去，台湾能维持多久？”竺可桢还指出了国民党早已腐化。 蒋经国只好悻悻而去。

竺可桢执意留在上海，竺待着黎明的曙光照亮古老的中国。